Lo suyo fue un amor a primera vista……. Don Felipe II, rey de todas las Españas y a la sazón de más de medio mundo, adoraba a su joven esposa Isabel de Valois y había hecho todo lo posible para que su primer parto fuese lo menos pesado, en Mayo traslada la corte al palacio de Valsaín, en La Granja de San Idelfonso para que Isabel no sufriera del terrible verano madrileño y es que esperaban buenaventura para Agosto.
De adolescente y apuntando maneras regias, retrato de Sanchez Coello
El 12 de Agosto de 1566 la reina rompió aguas llegando a comentar "Gracias a Dios el parir no es tan trabajoso como yo creía” justo después de soltar una preciosa infanta a la que pusieron el nombre de su madre, el santo del día y el patrón al cual se había encomendado la parturienta durante el embarazo, la criatura se llamó “Isabel Clara Eugenia” y su padre se había pasado toda la noche cogido de la mano de la reina para insuflarle valor.
El nacimiento de la infanta llenó de alegría el corazón melancólico del rey y calmó la desdicha de haber engendrado solo un hijo deforme y tarado “Don Carlos”, hubiese preferido un varón, pero al menos su mujer era fértil y joven, podría darle más hijos, así que “como buen cristiano” aceptó el deseo de Dios… y el bautismo se programó para el 25 de Agosto, cuentan que los días previos se los pasó ensayando con la cría en brazos para no parecer torpe ante el Papa y toda la corte.
Isabel creció bajo la atenta mirada de su padre, al año siguiente “Dios quiso bendecir” a la real pareja con otra niña, Catalina Micaela y al tercer intento de traer un varón al mundo la coneja lo abandona dejando a dos niñas pequeñas desconsoladas a los pies de un ataúd y a un rey que ya pintaba canas solo y sin descendiente varón, claro que los Austrias no eran tan “remilgados” a la hora de tener a una mujer como reina, como ocurría en el resto de Europa, pero siempre era preferible un hombre al mando del imperio que no a una mujer “llena de debilidades”.
Apenas un año después el viudo encontra nueva esposa, en este caso su sobrina la Archiduquesa Anna de Austria, una joven alta, rubia, fría como un témpano y que venía de una familia de gran fertilidad.
Isabel y Catalina, obra de Sofonisba Anguisola
La nueva reina aceptó a Isabel y Catalina como suyas y prometió quererlas, algo que cumplió no sin antes haber dado al rey 4 hijos varones y una niña más… murió en 1580 víctima de una epidemia de gripe que ya se había llevado por delante a la mitad de los monjes del monasterio.
Isabel vuelve a quedarse sin madre y es a partir de este momento cuando su padre empieza a delegar en ella la tramitación y traducción de documentos, es la única persona a la que se le está permitido hacerlo, duerme y trabaja en las habitaciones contiguas a las del rey además de su único apoyo y bastón, algo que en aquella época necesitaba bastante el rey prudente.
La tristeza y la leyenda negra, que sin duda él mismo fomentó, fueron oscureciendo el corazón de D. Felipe, la característica austeridad que los Reyes Católicos y que después los Austrías hicieron gala, se convirtió en el autentico motivo de vida de esta corte. Catalina se casa a los 18 años con el rey de Saboya, nunca más volvería a ver a su hermana, muere de parto a los 30; Isabel, sin embargo, fiel a su padre, no consintió en casarse, no le faltaban pretendientes, era la hija del rey más poderoso de la tierra y aspirante al trono de Francia, cuando el 2 de agosto de 1589 asesinan a Enrique III de Francía . Entonces Felipe II realiza toda una serie de gestiones políticas, y reclama la corona de Francía para Isabel. Los derechos de Isabel Clara Eugenia al trono de Fráncia, reclamado también por el hugonote Enrique IV, marido de la famosa reina Margot, provenían de ser nieta por parte de madre de Enrique II y sobrina de Enrique III (hermano de Isabel de Valois), quien no tenía descendientes directos.
Sin embargo, Fráncia estaba regida por la Ley Sálica, además Isabel de Valois ya había renunciado a sus derechos al trono con motivo de su matrimonio con Felipe II. Las gestiones de Felipe II provocan el efecto contrario: unir a los católicos y hugonotes franceses en contra de un soberano extranjero, facilitando la ascensión al trono de Enrique IV y el fin de las guerras de Religión en Francía.
El 13 de Septiembre de 1598, tras un penoso traslado al Monasterio y una más penosa agonía muere el Felipe II, Isabel no se había separado de él, las habitaciones reales son contigúas, aquellas que en su día fueron destinada a la Reina Anna, ahora las ocupaba su hija, juntos escuchaban misa desde sus aposentos, pues ambas camas están enfrentadas en las estancias laterales de la capilla central de la Basílica, el año anterior había heredado los Paises Bajos y la promesa de casarse con su primo hermano el archiduque Alberto de Austria, hermano pequeño de su madrastra y también nieto de Carlos VI marchando a Bruselas como Duquesa de Borgoña, alejándose así de la corte que la había visto crecer y del único hermano que le queda con vida Felipe III, de que dicen, que no se llevaba demasiado bien. 
Alberto e Isabel "cuanto más primo más me arrimo"
Al no sobrevirle ninguno de los tres hijos que tiene y enviudar en 1521, mantiene el cargo como gobernadora, con el tesón y la diplomacia que aprendió de su padre, aunque apoyada directamente por el Duque de Lerma y sobrino Felipe IV consigue la famosa rendición de Breda, y a pesar de ser hija del "mismo demonio" los Flamentos la quisieron y la respetaron.
Retrato Oficial como Gobernadora por Rubens
Muere en Bruselas en 1533 a los 67 años.
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